幼少での家督相続と重臣主導の政治
阿波三好家の家督継承
1553年、三好義賢（実休）の嫡男として誕生。1562年に父が「久米田の戦い」で戦死したため、わずか10歳で阿波三好家の家督を継承した。
篠原長房による補佐と分国法制定
幼少の長治に代わり、筆頭家老・篠原長房や三好三人衆らが実権を握り政務を主導。分国法「新加制式」の制定や足利義栄の14代将軍擁立など、阿波・畿内における三好家の勢力維持が図られた。
重臣粛清・法華宗強要で領国支配破綻
功臣・篠原長房の殺害
長治は成長すると実権を握っていた篠原長房と対立。1573年、異父兄・細川真之とともに長房の上西城を攻撃して討ち取り（上西城の戦い）、自ら阿波の実権を掌握した。
日蓮宗（法華宗）強要と国人衆の離反
自身が法華宗に深く傾倒していたため、分国中の他宗派の信徒へ日蓮宗への強制改宗を命じる暴政を強行。これに反発した讃岐守護代・香川之景ら領内の国人衆が反発し、弟・十河存保の諌言も無視して攻撃したため、四国における支持を急速に失っていった。
細川真之・長宗我部軍との衝突と自刃
異父兄・細川真之との対立
篠原討伐で協力した異父兄・細川真之とも確執が生じ、真之は長治に反旗を翻した。真之は長宗我部元親と結び、長宗我部軍の支援を受けて長治と対決した。
勝瑞城脱出と敗死
1577年、荒田野の戦いで長宗我部・細川連合軍に敗北。勝瑞城を追われて逃亡する途上で追撃を受け自刃した（享年25）。辞世は「三好野の 梢の雪と 散る花を 長春（長治）とやは 人のいふらむ」。長治の没落により阿波三好家は崩壊した。
三好長治から学ぶ教訓
功臣の排斥が招く「組織の基盤崩壊」
組織を支えていた優秀なNo.2（篠原長房）を感情や猜疑心から排除（粛清）した結果、家中の統制が急速に失われ自滅へ向かった組織管理の失策。
価値観の強制が生む「内部離反と孤立」
領民や配下（国人衆）の多様性を無視して自身の個人的信仰・価値観（法華宗強要）を力で強烈に強制したことで、全方位から敵を作り自首的に破滅を招いた反面教師の教訓。
