平安時代前期（律令国家の変容と摂関政治の始まり）
| 第50代 | 桓武天皇 | 781―806 | 平安京遷都、坂上田村麻呂（征夷大将軍） |
| 第51代 | 平城天皇 | 806―809 | |
| 第52代 | 嵯峨天皇 | 809―823 | 神泉苑、花宴の節 |
| 第53代 | 淳和天皇 | 823―833 | |
| 第54代 | 仁明天皇 | 833―850 | |
| 第55代 | 文徳天皇 | 850―858 | |
| 第56代 | 清和天皇 | 858―876 | 清和源氏の祖、藤原良房（初の人臣摂政） |
| 第57代 | 陽成天皇 | 876―884 | 藤原基経（摂政・関白） |
| 第58代 | 光孝天皇 | 884―887 | |
| 第59代 | 宇多天皇 | 887―897 | 仁和寺創建、寛平の治、菅原道真を重用 |
平安時代中期（治世の展開と摂関政治の絶頂）
| 第60代 | 醍醐天皇 | 897―930 | 延喜の治（親政） |
| 第61代 | 朱雀天皇 | 930―946 | 承平・天慶の乱（平将門の乱、藤原純友の乱） |
| 第62代 | 村上天皇 | 946―967 | 天暦の治（親政）、菅原道真左遷、六波羅蜜寺、空也上人 |
| 第63代 | 冷泉天皇 | 967―969 | |
| 第64代 | 円融天皇 | 969―984 | |
| 第65代 | 花山天皇 | 984―986 | 西国三十三所観音霊場巡礼 |
| 第66代 | 一条天皇 | 986―1011 | |
| 第67代 | 三条天皇 | 1011―1016 | |
| 第68代 | 後一条天皇 | 1016―1036 | 藤原道長（摂政・全盛期） |
| 第69代 | 後朱雀天皇 | 1036―1045 | 藤原頼通（関白） |
| 第70代 | 後冷泉天皇 | 1045―1068 | 藤原頼通（関白） |
平安時代後期〜院政と武士の興起
| 第71代 | 後三条天皇 | 1068―1072 | 摂関家外戚関係からの脱却 |
| 第72代 | 白河天皇 | 1072―1086 | 院政の開始 |
| 第73代 | 堀河天皇 | 1086―1107 | |
| 第74代 | 鳥羽天皇 | 1107―1123 | |
| 第75代 | 崇徳天皇 | 1123―1141 | 保元の乱、後白河天皇との対立、日本三大怨霊 |
| 第76代 | 近衛天皇 | 1141―1155 | |
| 第77代 | 後白河天皇 | 1155―1158 | 保元・平治の乱、蓮華王院（三十三間堂）創建、平清盛の台頭 |
| 第78代 | 二条天皇 | 1158―1165 | |
| 第79代 | 六条天皇 | 1165―1168 | |
| 第80代 | 高倉天皇 | 1168―1180 | |
| 第81代 | 安徳天皇 | 1180―1185 | 壇ノ浦の戦い |
| 第82代 | 後鳥羽天皇 | 1183―1198 | 源平合戦、承久の乱（※後に隠岐へ流刑） |
鎌倉時代（皇統の分裂と禅宗の発展）
| 第83代 | 土御門天皇 | 1198―1210 | |
| 第84代 | 順徳天皇 | 1210―1221 | |
| 第85代 | 仲恭天皇 | 1221―1221 | |
| 第86代 | 後堀河天皇 | 1221―1232 | |
| 第87代 | 四条天皇 | 1232―1242 | |
| 第88代 | 後嵯峨天皇 | 1242―1246 | 持明院統と大覚寺統の分裂の契機 |
| 第89代 | 後深草天皇 | 1246―1259 | 持明院統の祖 |
| 第90代 | 亀山天皇 | 1259―1274 | 大覚寺統の祖、南禅寺開基 |
| 第91代 | 後宇多天皇 | 1274―1287 | |
| 第92代 | 伏見天皇 | 1287―1298 | |
| 第93代 | 後伏見天皇 | 1298―1301 | |
| 第94代 | 後二条天皇 | 1301―1308 | |
| 第95代 | 花園天皇 | 1308―1318 | 妙心寺開基 |
南北朝時代（吉野南朝と京都北朝）
| 第96代 | 後醍醐天皇 | 1318―1339 | 建武の新政、南朝第1代 |
| 第97代 | 後村上天皇 | 1339―1368 | 南朝第2代 |
| 第98代 | 長慶天皇 | 1368―1383 | 南朝第3代 |
| 第99代 | 後亀山天皇 | 1383―1392 | 南朝第4代 |
| 北朝1代 | 光厳天皇 | 1331―1333 | |
| 北朝2代 | 光明天皇 | 1336―1348 | |
| 北朝3代 | 崇光天皇 | 1348―1351 | |
| 北朝4代 | 後光厳天皇 | 1352―1371 | |
| 北朝5代 | 後円融天皇 | 1371―1382 |
室町時代〜安土桃山時代・江戸初期（南北合一と戦国・天下統一）
| 第100代 | 後小松天皇 | 1382―1412 | 明徳の和約（南北朝合一） |
| 第101代 | 称光天皇 | 1412―1428 | |
| 第102代 | 後花園天皇 | 1428―1464 | |
| 第103代 | 後土御門天皇 | 1464―1500 | 応仁の乱 |
| 第104代 | 後柏原天皇 | 1500―1526 | |
| 第105代 | 後奈良天皇 | 1526―1557 | |
| 第106代 | 正親町天皇 | 1557―1586 | 戦国時代、織田信長・豊臣秀吉との関係 |
| 第107代 | 後陽成天皇 | 1586―1611 | 関ヶ原の戦い |
| 第108代 | 後水尾天皇 | 1611―1629 | 江戸初期、修学院離宮造営 |
